3月26日，作为日本航空自卫队中枢的航空总队司令部搬迁至驻日美军横田基地后正式启用。航空总队司令部负责应对领空侵犯和弹道导弹发射，是日本航空自卫队核心部门。伴随此次搬迁，日美将新设作为导弹防御基地的“共同综合运用调整所”，加强信息共享和联合行动。

“共同综合运用调整所”将设在航空总队司令部下，配置大型视听系统。日美军方高层将在此共享美国预警卫星、航空自卫队地面雷达、空中预警机等收集的信息并举行磋商。负责下达导弹拦截等指示的航空自卫队指挥所也位于同一层，地下通道与美国空军指挥所保持联络。相当于空军司令的日本航空幕僚长片冈晴彦就航空总队司令部搬迁至横田基地一事表示：“导弹防御的应对时间非常短，应在第一时间共享必要的信息并作出调整。（搬迁）对日美安保体制而言具有相当重要的意义。”

专家分析认为，日本航空总队司令部此次搬迁事宜在2006年5月发表的驻日美军整编计划中就已写明，航空自卫队从去年3月开始搬迁作业。驻日美军整编计划的主要目的是为美国减负：一是为美国减少军费开支、缩减财政赤字；二是增强驻日美军和日本自卫队的司令部功能合作，提高美军与自卫队日常实战能力，以减轻美军在第一岛链的负重，其中包括陆上自卫队中央机动司令部搬迁、驻冲绳美海军陆战队8000人移师关岛等。因此，日本航空自卫队航空总队司令部此次搬迁也被认为是自卫队“美军化”或日本自卫队与美军一体化进程的加速。