中医理论认为，手足口病是因为外感湿热疫毒引起，特别是现在天气变化大，很容易感染湿毒。中医在预防手足口病方面主要采用清热解毒祛湿的方法。平时有内热（火气重）的小儿：可以用白菊花6克 、生甘草3克 、生山楂10克一起煎药服用；平时有脾胃虚弱的小儿：可以用生米仁10克、扁豆10克一起煎药服用；有接触史的小儿可以预防性地服用中药，在清热解毒方面加强一下，如用大青叶、黄连各2克，牛蒡子6克，升麻、薄荷各3克，煎服（注：以上处方均按2周岁孩子剂量）。
王永照介绍说，在发病的早期和中期，建议采取中西医结合的办法好得快，即在一般治疗的基础上，建议再看一下中医，应当由医生辨证施治处方。采用清热解毒、化湿凉血疗法，常用的药物有金银花、连翘、黄芩、栀子、生米仁、牛蒡子、蝉衣、紫草、芦根、竹叶、生石膏、黄连、灯芯草、六一散等。
